El Departamento de Botánica, Ecología y Fisiología Vegetal se encarga fundamentalmente de organizar y coordinar todas las enseñanzas propias de cada una estas áreas y su impartición en los centros cuyas titulaciones incluyen materias y asignaturas adscritas a las mismas. Asimismo, tiene como misión apoyar administrativamente todas las actividades conducentes al desarrollo de la actividad docente e investigadora de sus miembros, que está relacionada, principalmente, con el conocimiento en sentido amplio de los organismos vegetales.