La Biblioteca Universitaria dispone de 23 incunables: cinco impresos en España, diez en Italia, cuatro en Alemania, tres en Francia y uno en Suiza. La mayoría de ellos son de temática religiosa, otros son de filosofía o historia y sólo uno pertenece al ámbito literario. Trece de ellos tienen grabados y únicamente dos tienen decoradas a mano las letras capitales.
Destacan por su rareza el Discordantiae sanctorum doctorum Hieronymi et Augustini. Sybillarum et gentilium de Christo vaticina de Philippus de Barberiis, impreso en Roma en 1481, del que se conoce sólo este ejemplar en España. El Chirurgia, vel inventarium seu collectorium in parte chirurgicali medicinae de Guido de Cauliaco, incunable sevillano de 1498, del que sólo se conservan tres ejemplares en España, con ilustraciones curiosas de instrumentos quirúrgicos.
Por su encuadernación sobresale el Libro della divina dottrina de Santa Catalina de Siena, impreso en Brixia en 1496, con una sencilla encuadernación sobre tabla de estilo mudéjar.
Todos ellos se pueden consultar en el catálogo automatizado y se han digitalizado dentro del proyecto Patrimonio Lacunense aquellas ediciones que no estaban reproducidas por otras instituciones.