La colección consta de 195 volúmenes de manuscritos que abarcan desde el siglo XV hasta el XX. Destaca por su valor y antigüedad el Officium parvum Beate Maria et Officium Defunctorum, Libro de Horas de finales del S. XV o principios del S. XVI, compuesto de 155 hojas sin numerar, en vitela, a una sola columna por plana, en escritura gótica y lengua latina, excepto algunos fragmentos en francés y en cursiva, con una rica ornamentación franco-flamenca.
Aunque la temática de los manuscritos es variada: derecho, medicina, poesía, etc., son más numerosos los relativos a Canarias, como por ejemplo la Crónica Lacunense, una de las tres copias manuscritas en el S. XVII que se conservan sobre la conquista de Canarias; otro ejemplo es la obra de José de Viera y Clavijo el Can Mayor, llamado también Constelación Canaria, copia manuscrita por Antonio Pereira Pacheco y Ruiz, con retratos de relevantes personajes del periodo ilustrado. También cabe destacar Las Ordenanzas de la isla de Tenerife, recopiladas por Juan Núñez de la Peña, en 1670; las obras de Fray Andrés de Abreu Stadium Solis y Las Novedades Antiguas o el Diario del Regidor Anchieta, manuscrito de 1731-1764.
La última incorporación a la colección de manuscritos ha sido, en el año 2022 la obra de Arthur Jean-Philibert Grasset titulada Notes de voyage. Excursions sur les côtes du Maroc et aux îles Canaries, pendant les anneès 1877, 1878 et 1879.
Todos ellos se pueden consultar en el catálogo automatizado y los que son de dominio público están digitalizados en Patrimonio Bibliográfico Lacunense.