Tras la salida del ejército francés, Egipto volvió a quedar integrado en el Imperio otomano. Se produjeron, sin embargo, cambios en el gobierno del virreinato. Mehemed Ali, el jefe del contingente albanés enviado para devolver a los mamelucos a la obediencia, fue nombrado virrey por los ulemas locales.
El establecimiento de una autoridad centralizada aseguró a Ali la imposición del orden en el país. Organizó una rápida industrialización que asegurase la autosuficiencia en cuestión armamentística; las innovaciones se extendieron después a la industria textil y de alimentación. La búsqueda de mercados para estas manufacturas tomó la forma de una expansión militar –Siria, península arábiga– de forma similar al comportamiento de las potencias coloniales, favorecida por la creación de una armada y una marina mercante.
La agresiva política industrial empezó a afectar a los comerciantes británicos, que tenían en el Oriente Próximo uno de sus compradores, mientras que la expansión exterior aumentó el recelo del Imperio otomano. Este, con apoyo del Reino Unido, consiguió hacerle perder sus conquistas, excepto Sudán. Egipto quedaba abierto a los productos europeos y relegado a productor de materias primas. En compensación, Mehemed Ali obtuvo la capacidad de elegir sucesor en el seno de su familia, lo que dio lugar al nacimiento de la dinastía Albanesa.
Tan importante como las realizaciones materiales de su virreinato fue el sentimiento que se creó en la población de pertenecer a una entidad nacional y no sólo a una comunidad. Los egipcios empezaron a identificarse con la administración que los regía.
Los sucesores inmediatos no supieron estar a la altura del fundador dinástico. Las potencias coloniales europeas tampoco les dejaron margen de maniobra. Las actividades económicas más destacadas correspondieron a empresas británicas (ferrocarril Alejandría-Cairo, telégrafos, Banco de Egipto) o francesas (canal de Suez). Sin embargo, fueron reforzando su autonomía política. Bajo Abbas I se reunió el primer parlamento egipcio, como cuerpo consultivo, y un año después él recibió el título de jedive, lo que suponía un paso definitivo hacia la independencia de facto. En 1873, el sultán le otorgó la completa administración de Egipto –que adoptará el árabe como lengua– y el poder legislativo.
Un cambio tan trascendental se vio oscurecido por los problemas económicos provocados por la construcción del canal de Suez y, sobre todo, por los fastos de su inauguración. Ante la imposibilidad de hacer frente a un vencimiento de deuda, el jedive vendió sus acciones de Suez al gobierno británico. Y un año más tarde, en 1876, tuvo que aceptar el establecimiento de la Caja de la Deuda Pública, formada por cuatro comisionados de Reino Unido, Francia, Austria e Italia. Los dos primeros, además, controlaban el Ministerio de Obras Públicas.
En 1881, el coronel Ahmed Orabi, líder del partido nacionalista, consiguió la victoria en las elecciones. Como ministro de guerra, reclamó la supresión del control europeo. En respuesta, la escuadra británica bombardeó Alejandría en julio y derrotó a las tropas egipcias poco después. Reino Unido afirmó no pretender un dominio permanente, pues la Caisse era ya un instrumento suficiente de intervención. Sin embargo, las tropas no se retiraron con el pretexto del peligro de la revuelta religiosa e independentista de el-Mahdi en Sudán y, desde 1883, los británicos empezaron a reemplazar a los egipcios en los puestos gubernamentales.