La conversión al cristianismo de los habitantes de Egipto y los edictos de Teodosio que limitaban los cultos tradicionales significaron el olvido de la escritura y de la cultura ancestral. También tuvieron como consecuencia que los majestuosos edificios religiosos perdieran su función original. La mayoría fueron demolidos para emplear los sillares en nuevas construcciones religiosas. Al menos algunos fueron reutilizados, previa mutilación de las figuras divinas y humanas, lo que permitió preservar su estructura arquitectónica al ser remodelada como iglesia o convento. En algunos casos sorprendentes sus relieves se salvaron porque fueron cubiertos con estuco para hacerlos invisibles.

La llegada posterior de los árabes musulmanes a Egipto, en el año 642, y el inicio de la conversión de su población al Islam supusieron el abandono paulatino de la lengua copta, heredera de la que se hablaba en la Antigüedad. Desaparecía así el testimonio vivo más evidente de la civilización antigua que había sobrevivido.

La historiografía egiptológica ha considerado los siguientes siglos como un periodo vacío, aunque la realidad es que no se han investigado con exhaustividad: no se debería obviar el conocimiento propiciado por la copia de los autores antiguos en los scriptoria medievales.

Las referencias a Egipto frecuentes en la Biblia despertaban también la curiosidad sobre esa civilización en la Europa cristiana. Dicho interés se veía favorecido por las narraciones, orales y escritas, de quienes hacían la peregrinación a Tierra Santa. Un cierto número de fieles prolongaba su viaje hasta el Delta del Nilo. Visitaban el Sinaí, con el monasterio de Santa Catalina al pie de la montaña de Moisés, y los lugares en torno a El Cairo actual en los que se había refugiado, supuestamente, la Sagrada Familia durante su estancia en Egipto tras huir de la amenaza de Herodes. Uno de los textos más notables es el relato de Egeria, una noble hispanorromana del siglo IV. Todo lo que veían era interpretado desde esa perspectiva bíblica. Así, las pirámides eran para ellos los graneros de José.

Entre los autores musulmanes medievales sabemos que hubo una afinidad con el Egipto antiguo que se manifestó en una producción relativamente extensa. Se conservan descripciones de las ruinas escritas tanto por autores locales, maravillados por las evidencias del pasado de sus ancestros, como por viajeros que visitaron el país en sus periplos. En los textos se reconoce su admiración por las construcciones y la escritura jeroglífica. Suponen, además, una importante fuente de información sobre el estado de los monumentos en ese momento, menos dañados que en la actualidad.