Las actividades del IEMyR abarcan los campos de la docencia, la investigación y la extensión universitaria. Desarrolladas a lo largo del año, dos de ellas se celebran con carácter regular: el Seminario del IEMyR y el Curso de Estudios Medievales.
Los Seminarios del IEMyR tienen periodicidad anual y vienen celebrándose desde 1991 durante la primavera, siendo uno de los pocos eventos de esta categoría a nivel nacional que se han celebrado ininterrumpidamente durante más de 30 años. Cada edición del Seminario se desarrolla alrededor de un tema monográfico, que es abordado desde una perspectiva interdisciplinar por especialistas nacionales y extranjeros. Desde sus respectivos campos de investigación, los participantes muestran el estado de la cuestión y las posibilidades futuras de investigación del tema propuesto. Forman parte del programa de perfeccionamiento del profesorado del Vicerrectorado de Investigación de la Universidad de La Laguna, estando abiertos también a los alumnos de doctorado. Sus trabajos se publican desde 1993 en los Cuadernos del Cemyr.
Al mismo tiempo, los Cursos de Estudios Medievales se celebran anualmente en el primer cuatrimestre del año académico, y tienen carácter divulgativo: están destinados a alumnos universitarios y público en general. En ellos participan las distintas áreas del Instituto, abordando un tema monográfico desde cada una de las correspondientes perspectivas. El IEMyR engloba un nutrido número de grupos de carácter interdisciplinar, que desarrollan proyectos de investigación de gran alcance nacional. En este terreno existen experiencias de colaboración entre miembros de diferentes áreas dentro del Instituto. El carácter transversal de estos grupos ha facilitado la creación de múltiples proyectos, algunos desarrollados en el marco de las Humanidades Digitales. Además de las diferentes actividades, publicaciones y proyectos de investigación, desde el IEMyR se impulsó la creación del Master Universitario en Estudios Medievales Europeos. La Génesis de Europa, una Perspectiva Cultural, cuya docencia se desarrolló entre los años 2015 y 2018.