La historia de AIDU comienza en 1999 cuando un grupo de profesores de la Universidad de Santiago de Compostela comienzan a pensar en organizar una actividad científica sobre la docencia universitaria.

En aquel tiempo se iban consolidando en el contexto iberoamericano un amplio movimiento de profesores universitarios que, comprometidos con la renovación didáctica, trataban de hallar respuestas a las exigencias planteadas por el cambio de los planes de estudio y metodología docente, la incorporación de las nuevas tecnologías, la redefinición de los roles de estudiante y de profesor, la formación del profesorado tanto inicial como en servicio, la organización y el gobierno democrático de la institución, la conexión y proyección social del conocimiento científico, y las políticas de evaluación de la calidad entre otras muchas dimensiones.