Doctor en Ciencias Biológicas desde 2008 por la Universidad de La Laguna con la tesis “Los líquenes del Parque Nacional de La Caldera de Taburiente (La Palma, Islas Canarias)” (Premio de Investigación Reserva de La Biosfera de la Isla de La Palma en 2008), en la actualidad es Profesor Contratado Doctor del Dpto. de Botánica de dicha universidad y desde diciembre de 2023 es el Director del mismo. Su campo de investigación se centra en la taxonomía, ecología, biogeografía y filogenia de líquenes en la Región Macaronésica, prestando especial atención a las Islas Canarias. Ha participado en 13 proyectos y convenios de investigación (4 de ellos como IP), la mayoría de ellos relacionados con la liquenología pero también en el ámbito de la conservación de plantas amenazadas. Ha publicado cerca de medio centenar de artículos (32 de ellos indexados en el JCR fundamentalmente en Plant Sciences, Micología y Biodiversidad y Conservación).. Asimismo, es coautor de una docena de capítulos de libros y un libro completo. Ha realizado cerca de 40 comunicaciones a congresos tanto nacionales como internacionales y ha participado en la organización de 3 de ellos.
Colabora activamente con diversos grupos de investigación de diferentes países y ha hecho estancias en EEUU (Field Museum, Chicago) y en UK (Natural History Museum, Kew Garden.), donde realizó una estancia de investigación en Royal Botanic Gardens Kew gracias a un proyecto sobre Recualificación del PDI del Ministerio de Ciencia de España, con un proyecto sobre filogenómica del grupo de hongos liquenizados Pseudocyphellaria (s.l.) en la Región Macaronésica. Pérez Vargas es miembro de la Sociedad Española de LIquenología (SEL) y de la International Association of Lichenology (IAL), así como del comité científico de evaluación de especies liquénicas amenazadas de España y Portugal de la SEL.
Como profesor universitario ha impartido docencia en los grados de Biología, Farmacia, Ciencias Ambientales, Ingeniería Agrícola y del Medio Rural, Educación y en los másteres de Formación del Profesorado y Biodiversidad Terrestre y Conservación en Islas. Ha tutorizado 15 TFGs (y dos en realización), 3 TFM (y uno en curso) y 2 tesis doctorales (y dos más en curso). Ha participado en 5 proyectos de innovación docente y realizado varias publicaciones docentes sobre materiales didácticos de Botánica.
Desde su etapa predoctoral acompaña a su labor investigadora la de divulgación de la ciencia, participando en numerosas actividades a este respecto: Jornadas de Jóvenes Investigadores, Rutas Científicas, Ferias de Vocaciones Científicas y Profesionales, Jornadas de Introducción a la Investigación así como “semanas científicas” de varios colegios e institutos. Desde 2017 es profesor en la EUPAM (Escuela Universitaria para Personas Mayores y Adultas de la Universidad de La Laguna) y participa activamente en actividades de divulgación dentro del programa CienciaULL.