Además de las colecciones relacionadas con la actividad docente e investigadora de la Universidad, vinculadas con las correspondientes facultades y escuelas, la Biblioteca custodia una serie de fondos que por sus características especiales constituyen un patrimonio bibliográfico y documental único.
Dichos fondos son los siguientes:
También se han creado dos colecciones especiales dedicadas a estudios de género, feminismo, temática LGBTIQ+, igualdad, etc., que se encuentran ubicadas en los Espacios de Igualdad habilitados en la Biblioteca de Educación y en la planta 0 de la Biblioteca General y de Humanidades.